原木栽培とはナラやクヌギの木（原木）にしいたけの菌を植え付け、半年から一年以上かけてじっくりと栽培する昔ながらの栽培方法です。しいたけはナラやクヌギの木の栄養分だけで育ちます。

木の栄養分を100％吸収した原木しいたけは肉厚でプリプリとした食感もよく、香りもしっかりしています。

さらに野呂食品では、栽培に使う原木（ナラ、クヌギ）もすべて国産のものを使用しており、農薬・化学肥料などの添加物は一切使用していませんので食の安全性という面でも自信を持っています。

しかし、原木栽培は気候の影響をかなりうけることや、しいたけが木の皮を突き破って出てくるときに起こる変形など、安定した生産がむずかしいというのも事実です。

これに対し、菌床栽培とはおがくずや綿がらににフスマ（小麦のぬか）やコーンコブ（とうもろこしの芯の粉砕物）、米ぬかなどを混ぜ固めたもの（これを「菌床（きんしょう）」と言います）にしいたけ菌を植えて栽培する方法です。

この菌床には化学肥料や防腐剤などが添加される場合もあります。

菌床栽培は原木栽培に比べて栽培期間が短く、3～4ヶ月ほどで収穫することができます。

人工的に作られた菌床で栽培すると、大きさ・形をそろえやすく安定生産が可能です。
また、菌床栽培は大規模な生産も可能で、価格も季節によって大きく変動することが少なくなってきました。

このため、ここ最近スーパーなどで売られているしいたけのほとんどが菌床しいたけになっています。
以前安全性が問題になった中国産のものも菌床しいたけでした。